Герой Советского Союза.
Командир эскадрильи 43-го истребительного авиационного полка 16-й авиационной дивизии 21-й армии Юго-Западного фронта, капитан.
Родился 13 февраля 1914 года в селе Белое Далматовского района Курганской области в крестьянской семье. Русский. Член ВКП(б)/КПСС с 1938 года. Окончил шесть классов неполной средней школы в родном селе и некоторое время работал в колхозе, а потом уехал в город Свердловск.
В 1931 году направлен на учебу в Пермскую военную школу авиационных техников, по окончании которой работал авиатехником. Учебу продолжил в военной школе лётчиков в городе Борисоглебске. С 1936 года до начала Великой Отечественной войны служил в Киевской авиационной бригаде. Как один из лучших лётчиков авиационной бригады выполнял фигуры высшего пилотажа при съемках фильмов "Истребители" и "Валерий Чкалов", где Василий Шишкин вёл свой самолет И-15 за известного советского лётчика Георгия Байдукова.
В боях Великой Отечественной войны с июня 1941 года. К февралю 1942 года эскадрилья В.И. Шишкина уничтожила в боевых вылетах на штурмовку до 3500 немецких солдат и офицеров, около 300 автомашин с боеприпасами и живой силой противника, 13 батарей полевой и зенитной артиллерии, 3 склада с боеприпасами, 3 переправы через Днепр и много другой вражеской военной техники. На счету командира к этому времени было более 200 боевых вылетов и 12 сбитых вражеских самолетов.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 27 марта 1942 года за образцовое выполнение боевых заданий командования по уничтожению живой силы и техники противника и проявленные при этом мужество и героизм капитану Василию Ивановичу Шишкину присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 842).
Летом 1942 года В.И. Шишкин во время боёв за Сталинград был назначен командиром полка. В ноябре 1942 года ему был вручён самолёт, построенные на средства собранные колхозниками Саратовской области. На этом самолёте В.И. Шишкин летал до конца 1943 года и сбил 12 вражеских самолётов. Участвовал в Курском сражении, воевал на 1-м Белорусском фронте. К концу войны на его счету было 520 боевых вылетов и 30 сбитых вражеских самолётов.
После окончания Великой Отечественной войны В.И. Шишкин продолжил службу в Советской Армии. Десять лет летал на реактивных истребителях. В 1950 году окончил Высшие офицерские лётно-технические курсы. С 1956 года полковник В.И. Шишкин — в запасе. Жил в Киеве. Скончался 22 ноября 1992 года.
Награжден двумя орденами Ленина, пятью орденами Красного Знамени, орденом Суворова 3-й степени, орденом Отечественной войны 1-й степени, орденом Красной Звезды, медалями.