Инженер и авиаконструктор, доктор технических наук, профессор. Лауреат Ленинской премии (1962). Вторая жена конструктора Олега Антонова .
Родилась 22 декабря 1911 году в Ереване. После окончания школы два года училась на инженерном факультете Ереванского государственного университета. В 1930 году поступила в Московский авиационный институт, где ее зачислили сразу на второй курс. Занимаясь в кружке планеристов. Окончив в 1935 году учебу, начала работать в авиапромышленности, попала на завод илюшинских самолетов в качестве специалиста по вооружению и оборудованию.
Работа, ввиду тяготения Шахатуни к расчетам прочности, ей не нравилась, и через полгода она перевелась на гражданское предприятие - маленький планерный завод в Тушино, где работала с 1937 по 1939 год. В Тушино она знакомится с руководителем конструкторского бюро - известным авиаконструктором Олегом Антоновым. В 1941 году Антонов получил задание по организации производства планеров в Каунасе на базе бывшего трамвайного завода, куда набирая людей, он пригласил в бюро и Шахатуни. Спустя некоторое время, накануне войны Олег Антонов и Елизавета Шахатуни поженились. Вскоре с началом войны КБ, так посути и не начав полноценно работать, в срочном порядке было эвакуировано в Москву. В этом же году была зачислена в ОКБ А.С.Яковлева, в котором благополучно проработала до 1945 года. В годы войны конструкторским бюро был создан десантный планер, потом - буксировочный планер-биплан ("Крылья танка"), предназначавшийся для воздушной перевозки бронированных машин. В этом проекте Елизаветой Шахатуни было рассчитана прочность крыльев и гусениц танка, чтобы те не повредились при посадке.
После окончания войны, в 1946 году Антонов был назначен главным конструктором проектного бюро в Новосибирский филиал, где получил задание создать самолет для нужд сельского хозяйства. Через некоторое время появился биплан СХА-1, позже, названный в народе "кукурузником" Ан-2. Работу по расчету прочности самолета осуществил отдел, которым руководила Шахатуни.
Вскоре КБ которым руководил Антонов, было переведено в Киев, где было налажено строительство военно-транспортных и пассажирских самолетов. В этот период были созданы такие самолеты - гиганты как "Руслан", "Мрия", "Антей". Елизавета Шахатуни, будучи уже профессором, доктором технических наук выступала ответственным за прочность и безопасность этих самолетов, расчет которых был осуществлен ею. В 1955 году был создан новый самолет Ан-8, а чуть позже Ан-10 и Ан-1. Расчет их прочности был произведен коллективом под руководством "стальной армянки". Но главным успехом отдела коллектива под руководством Шахатуни, явился расчет прочности самолета Ан-22 "Антей", который имел взлетный вес в более чем 250 тонн и мог поднять в воздух до 80 тонн груза. Более того в дальнейшем самолетом было установлен 41 мировой рекорд, включая максимальную грузоподъемность. За создание самолета была удостоена Ленинской премии (1962).
Однако в разгар "холодной войны" рекорд, установленный Ан-22, был побит американским самолетом "Гелекси". Взлетный вес воздушного судна превышал 370 тонн, а грузоподъемность доходила до 120 тонн. Проектное бюро под руководством Антонова получило задание еще более увеличить грузоподъемность самолетов. Как результат, в 1982 году впервые в воздух поднялся Ан-124 "Руслан", взлетный вес которого равнялся 405, а максимальная грузоподъемность 171 тонн. Помимо всего прочего Шахатуни принимала участие и в работе по созданию самолетов Ан-14, Ан-24, Ан-26, Ан‑30, Ан-32 и др. Елизавета Шахатуни также преподавала в Киевском авиационном институте.
Скончалась 27 октября 2011 года. Похоронена на Городском кладбище "Берковцы" (участок № 86).
Лауреат Ленинской премии (1962). Лауреат премии имени О.К. Антонова. Награждена орденом Ленина, орденом Трудового Красного Знамени, орденом "Знак Почета".