Герой Советского Союза.
Командующий 5-й воздушной армией, генерал-полковник авиации.
Родился 7 октября 1899 года в селе Ушаковка Атяшевского района Республики Мордовия. Русский. В 1918 году окончил учительскую семинарию в Казани. В армии с мая 1918 года. В 1919 году окончил Казанские пехотные курсы. Участник гражданской войны: в мае-декабре 1918 года – красноармеец военной комендатуры Казани, в мае-сентябре 1919 года – начальник инструкторской школы 5-й армии, командир роты 237-го полка Восточного фронта. В сентябре 1919 года был ранен и до октября 1919 года находился в госпитале. В апреле-августе 1922 года – командир батальона 308-го стрелкового полка, участвовал в боях с бандами в Монголии.
В 1924 году окончил Борисоглебскую военную авиационную школу лётчиков, до 1930 года был в ней лётчиком-инструктором. В 1927 году окончил Серпуховскую высшую школу воздушного боя, стрельбы и бомбометания, в 1932 году – Военно-воздушную академию имени Н.Е. Жуковского. Служил командиром авиаэскадрильи в авиации Балтийского флота. C 1937 года – командир авиационной бригады. Участник боёв у озера Хасан в августе 1938 года в должности командира 5-й авиационной бригады. В 1939 году окончил Курсы усовершенствования командного состава при Военной академии Генерального штаба.
Участник советско-финляндской войны: с ноября 1939 по март 1940 года – командующий Военно-воздушными силами 7-й армии. С марта 1940 года – командующий Военно-воздушными силами Калининского военного округа, с июля 1940 года – начальник Управления кадров Военно-воздушных сил Красной Армии. С 1941 года – командующий Военно-воздушными силами Харьковского военного округа.
Участник Великой Отечественной войны: в июне-ноябре 1941 года – командующий Военно-воздушными силами 18-й армии, с ноября 1941 года – командующий Военно-воздушными силами Северо-Кавказского военного округа. С июня 1942 года – командующий 5-й воздушной армией. Части под его командованием сражалась на Южном, Северо-Кавказском, Закавказском, Степном и 2-й Украинском фронтах. 5-я воздушная армия поддерживала корабли Черноморского флота, участвовала в воздушной битве на Кубани, в Белгородско-Харьковской наступательной операции, битве за Днепр, Кировоградской, Корсунь-Шевченковской и Ясско-Кишинёвской операциях, в освобождении Румынии, Венгрии, Чехословакии и Австрии.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 28 апреля 1945 года за умелое командование воинскими соединениями, личное мужество и героизм, проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками, генерал-полковнику авиации Сергею Кондратьевичу Горюнову присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№7292).
После войны продолжал командовать 5-й воздушной армией. В 1946-1949 гг. – командовал 17-й воздушной армией Киевского военного округа, в 1949-1950 гг. – 57-й воздушной армией Прикарпатского военного округа. В 1951 году окончил Высшие академические курсы при Военной академии Генерального штаба. В 1951-1956 гг. – командовал 69-й воздушной армией Киевского военного округа. С октября 1956 года – в отставке. Жил в Киеве. Скончался 2 октября 1967 года. Похоронен на Городском кладбище "Берковцы".
Генерал-полковник авиации (1944). Награждён 2 орденами Ленина (февраль 1945, апрель 1945), 5 орденами Красного Знамени (1938, 1940, 1943, 1944, 1948), орденами Суворова 1-й (1944) и 2-й (1943) степени, Кутузова 1-й степени (1944), медалями, иностранными наградами.